Gegründet wurde die Schwesternschaft 1899 als „Gemeinschafts-Schwesternhaus” in Borken bei Bartenstein/Ostpreußen durch Pfarrer Blazejewski.

Nach dem plötzlichen Tod Pfarrer Blazejewskis siedelten die Schwestern im November 1900 nach Vandsburg (Westpreußen) um. Dort übernahm Pfarrer Krawielitzki als Hausvater die Leitung des Schwesternhauses. Im Mai 1903 wurde Schwester Emilie Siekmeier Hausmutter in Vandsburg.

Als Vandsburg 1920 unter polnische Hoheit fiel, fassten die Verantwortlichen im Mutterhaus im Einvernehmen mit Pfarrer Krawielitzki den Beschluss, dass ca. 300 von den damals 450 Schwestern Polen verlassen und ein neues Mutterhaus in den westlichen Gebieten Deutschlands gründen sollten. Die in Vandsburg gebliebene Gruppe nannte sich nun „Schwesternschaft Altvandsburg“ (seit 1945 in Lemförde).

Die Schwestern kamen zunächst nach Berlin-Schlachtensee, wo sie am 20.1.1920 eine neue Schwesternschaft „Neu-Vandsburg“ gründeten. Allerdings waren die Räumlichkeiten in Berlin von Anfang an zu klein, so dass am 24.6.1920 viele Schwestern nach Rathen weiterzogen, wo sie im Haus „Felsengrund“ wohnen und arbeiten konnten. Aber auch dort reichten die Räume bald nicht aus. Nach einigem Suchen fanden die Schwestern schließlich in Elbingerode ein großes Waldgrundstück, auf dem das ehemalige Kurhotel „Bad Waldheim“ stand. Am 2. März 1921 wurde das Gelände offiziell erworben und hier fanden die Schwestern nun eine Heimat für das neu gegründete Mutterhaus.

Die Schwesternschaft wuchs trotz der schweren Zeit in den zwanziger Jahren erheblich und so reichten auch in Elbingerode bald die Räume nicht mehr. Mit Weitblick und großem Verständnis für die moderne Baukunst setzte sich die damalige Oberin Schwester Klara Sagert für einen Mutterhausneubau ein, für den sie den Architekten Godehard Schwethelm gewinnen konnte. Er baute das Haus im damals modernen Bauhausstil zweckmäßig und in seiner Schlichtheit zeitlos und sehr funktional. Es wurde am 09./10.06.1934 eingeweiht.

Im 2. Weltkrieg wurde das Mutterhaus zum großen Teil Lazarett. Nach dem Krieg wurde daraus ein Krankenhaus mit verschiedenen Abteilungen. Ab 1976 entstand eine eigene Psychiatrische Abteilung für Suchtkranke. Daraus entwickelt sich nach 1990 das jetzige Diakonie-Krankenhaus.

Durch die Teilung Deutschlands nach dem Kriegsende kam es zu einer erneuten Spaltung der Schwesternschaft. Da die Schwestern des Elbingeröder Mutterhauses in ganz Deutschland arbeiteten, waren viele Schwestern durch die Teilung Deutschlands von ihrem Mutterhaus getrennt. Als die Amerikaner im Austausch gegen die drei Westsektoren Berlins sich unter anderem aus Sachsen-Anhalt zurückzogen, ging ein Teil der Schwestern mit ihnen in den Westen. Dort gründeten sie zunächst das Diakonissen-Mutterhaus „Neuvandsburg-West“ – das heutige Diakonissen-Mutterhaus Bleibergquelle in Velbert. Es blieben etwa 600 Schwestern im Mutterhaus Neuvandsburg mit seinen angeschlossenen Arbeiten in der späteren DDR. Da die Verbindungen zur DGD-Hauptstelle und zu den anderen DGD-Mutterhäusern in der Zeit der DDR offiziell abgeschnitten waren, fand das Mutterhaus in Elbingerode als „Sondervermögen“ Schutz unter dem Dach der Kirchenprovinz Sachsen und konnte so in relativer Freiheit weiterarbeiten.

1991 wurde das Diakonissen-Mutterhaus wieder in den Deutschen Gemeinschafts-Diakonieverband mit Sitz in Marburg eingegliedert.